Défenseur polyvalent, qui peut aussi bien jouer dans l'axe de la défense que sur les ailes, Grygera est l'un des meneurs de l'équipe tchèque des moins de 21 ans vice-championne d'Europe en 2000.
Appelé en séléction pour la première fois en 2001 face à la Corée, il n'a depuis lors plus quitté le noyau. Titulaire indicutable à l'Ajax, il attire depuis de longues années la convoitise de nombreux clubs du top européen, dont la Juventus de son coéquipier Pavel Nedved.
Cet Euro portugais sera la première grande compétition disputée par Grygera, lui qui a raté de peu une qualification pour le mondial asiatique.